猪支原体肺炎的潜伏期一般为11～16天左右，最长可达1个月以上。它的主要临床特征为咳嗽和气喘，通过对发病过程的分析可以分为以下三种病情类型。
1.猪肺炎症状明显，急性发病
发病群体多以怀孕母猪、仔猪中新发此病的猪群为主。主要症状为：发病猪的体温正常，但是如果继发感染体温可升至40度以上，猪肺炎发病时还会同时伴有精神不振、很少走动的情况，呼吸变急促，咳嗽次数少并且声音低沉，经常需要张口喘气，呈腹式呼吸或犬坐的姿势。
2.猪肺炎症状不明显，发病缓慢
此类发病群体一般多是老疫区的架子猪、育肥猪和后备母猪。早、晚吃食后或运动时发生咳嗽，严重的连续痉挛性咳嗽。猪咳嗽时，其身体站立不动，背拱起，脖子伸直，头下垂，直到咳出分泌物并且咽下才会停止。猪肺炎病情发展到后期，经常会发生不同程度的呼吸困难。发病猪的体温一般都处于正常状态，但是体型愈渐消瘦，发育变得缓慢。
3.猪肺炎症状为隐性，经检查才能发现
此类发病群体较为特殊，潜伏期一般在4-10天左右，甚至可长达一个月，具体表现为猪的发育速度正常，偶尔才会出现咳嗽气喘，只有进行X线检查或剖检时，才能发现患有猪支原体肺炎。
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